fwjmath的相空间: 我与分布式

Foldit：蛋白质折叠游戏

Sun, 01 Jun 2008 06:21:51 GMT

Foldit是由Bakerlab所在的华盛顿大学的生物化学系和计算机工程系联合开发的一款在线游戏，旨在利用人的解题能力来帮助科学家寻找蛋白质在现实中的折叠结构。

这里有我做的两个介绍视频：

http://youtube.com/watch?v=UB3R5-NU5pc

http://youtube.com/watch?v=FOwrz1tmGXA

然后有中文讨论帖：

http://www.equn.com/forum/thread-18296-1-1.html

这个是我写的一个小小的经验之谈：

http://www.equn.com/forum/viewthread.php?tid=18296&page=2#pid244623

最近真是事情比较多~~~

Sun, 31 Dec 2006 05:28:53 GMT

有好有坏~~~Just like everything~~~

前几天台湾南部发生了地震（对台湾同胞致以慰问！），导致我国出国网络光缆断了6条，然后在国内上国外的网站的速度骤降。这样，很多分布式计算爱好者的机子就...饿死了。现在情况稍微好一些，但是据说完全修复需要一个来月。现在很多算友都用代理来上，这也算是一种办法吧~~~不过为了防止计算力的浪费，很多算友也算了一下JUST的Pi Segment，这对于推广中国自己的分布式计算项目也算是一种帮助吧~~~

郁闷的第一名~顺带说说项目参加近况~和开发近况~~~

Fri, 01 Sep 2006 07:56:32 GMT

本来排第一嘛，就不是个坏事，郁闷的原因就在于自己喜欢的项目竟然没有人参加，让一个用一台破机子同时算三四个项目（已经属于主力半主力的~~~）的烂人排第一，这就很不应当了~~~

下面列举一下那些使我感到郁闷的项目：

1. Cuboids 。首先由大仙绍介进来，然后我就兴冲冲去参加了，并且建了一个小组。说实话我是挺喜欢这个项目的，虽然不是特别特别喜欢。这个项目研究的是一个不等边的骰子在一次投掷中每个面向上的概率。听起来好像有点傻，又好像没有什么实际的意义，但是我觉得这就是这个项目有趣的主要原因。看起来傻乎乎，描述的运动方程也很容易可以写出来，但是模拟出来的结果却各不相同，只消看看显示的图形就觉得比较有趣。几个不算复杂的方程就可以描述那么复杂的现象，真是令人赞叹。后来我就时不时地在机子上跑这个，也不怎么看统计。有一天看了看统计，发现我竟然是我们小组排第一的，当时是很高兴，再看小组里边的人，都是坛子里的朋友。我再一看，大家差我那么远，我又差前面的人那么远。我只是时不时跑一跑，坛子里怎么就没有有实力的人来参加这个项目呢~~~都是玩的（包括我啊~~~）。然后，最 BT 的一点：大仙名字不在上面~~~稍微责怪一下~~~虽然我知道大仙很忙所以没空参加情有可原也是没有什么可以责怪的~~~下面还是留下个网址让感兴趣的朋友看看。项目网址是：http://www.physics.ox.ac.uk/cm/cmt/cuboid/

2. The 3x+1 Class Record Search 。这个是 apple 首先试着参加，然后带了我跟跨越地平线来参加。apple算出来一点以后兴冲冲跑去寄给 Eric ，Eric 一看就看出来 Overflowcount 不对，断言是内存错误，然后就不用 apple 算的这个结果了。apple 也深明大义，决定换一台电脑以后再来算，所以就停了。而跨越地平线的进度颇慢，现在还没算完一个，真是不应该~~~我就刚刚完成了一个 Block ，然后问 Eric 拿了原程序来优化了一下，现在正在拿优化了的程序跑第二个。然后也就是三个人参加，没有了~~~也说说我为什么喜欢这个项目吧。是的，这个项目参加有点麻烦，还要手工发电子邮件。但是我就很喜欢 3x+1 这个问题。一个简单的变换，偶数就除以 2 ，奇数就乘以三再加上一，竟然可以引出那么复杂丰富的变化出来。对于每一个正整数，它们的变化轨迹都是变幻莫测，忽上忽下，稀奇古怪。但是无论什么数，无论轨迹如何复杂，终点却总是那个简单的一，令人不能不感叹数学的神奇。我就喜欢这类型的东西：用简单描述复杂、用简单生成复杂，然后由复杂又归结到简单。最玄奥的地方就在这里了。最近大仙让我试着翻译一下这个项目，看能不能吸引到更多参加者。我可是很愿意试试的，因为我也想更多的人参加~~~可是首先要找一个合作的人来一起搞~~~我是个很疏懒的人~~~我已经盯好了目标了~~~朋友们可要小心~~~还是惯例，放一个项目网址：http://www.ericr.nl/wondrous/index.html

3. EulerNET。首先是我去试试参加的，然后 apple 也去试了一下，然后我们就合力写了个新手教程，然后我还翻译了数学背景，然后...然后就只有我们两个人四台机器在算~~~没别的人了~~~真是令人郁闷~~~但是也没什么好抱怨的~~~别人参不参加我们不能控制，我们能做的就是做好宣传，让想要参加的人方便一点。老规矩，放出网址：http://euler.free.fr/。这里还有新手指南和教程：http://www.equn.com/forum/viewthread.php?tid=13482&fpage=1。

看来我感兴趣的别人不感兴趣的主要就是数学了~~~这就充分地说明了我国的数学教育水平还要提高~~~提高了教育水平不仅可以增加分布式计算的参与人数~~~还有助于消灭民科~~~啊~~~如果能让全中国的民科都来算关于数学的分布式计算，那该多好啊~~~

然后说一下分布式的近况。最近我停了 BOINC ，因为不在家里控制不方便。现在主要算的是 3x+1 ，外加上 Distributed.NET 和 Cuboids 作缓冲，就是这样子~~~

关于项目开发嘛~~~我希望开发的 Ramsey@home 可能要延缓了~~~因为我在编写新的计算核心~~~又因为我是个很疏懒的人所以大家可想而知会有什么结果~~~其实已经用 vb 写出来的了但是转到 C++ 的时候遇到了很多问题~~~于是就暂停了~~~当然也有 3x+1 优化的影响~~~还有就是一些技术问题还没有想好怎么解决~~~还有就是服务器~~~所以大家就容忍一下长期跳票吧~~~

p.s.我发现这个 Space 里边的内容，学习跟课外活动严重不成比例~~~大家千万不要学我~~~要以学习和工作为重~~~

补记：现在 Cuboids 方面有人超过我了~~~又高兴又不高兴了~~~赶快追上~~~

最近正在翻译 3x+1 页面~~~

Wanting@home论文

Fri, 13 Jan 2006 13:45:02 GMT

已经贴出来了，大家快去看，评价一下~~~

http://fwjdc.hsfz.net/index.php?option=com_content&task=view&id=15&Itemid=9

【摘要】本文所讨论的烷烃，是指开链烃，即仅由碳和氢两种元素组成的、没有碳环并且所有碳原子均饱和的化合物。由于烷烃构造异构体的数量呈指数形式增长，计算量极为庞大，凭借普通计算机在可以忍受的时间里求解是困难的。为了求解这个问题，需要强大的计算资源和存储资源来支持。分布式计算是一门旨在将需要大量运算的问题分解到很多计算机上解决的计算科学。现在世界上有超过200个分布式计算的项目，每一个项目都获得了足够的计算资源，有的项目的总计算资源甚至超过了世界上最快的大型计算机，而每个项目付出的资金相对来说却微乎其微。所以说，分布式计算拥有便宜、高效的特点。为了完成烷烃构造异构体的枚举，本文提出基于“工作池”（Work pool）的并行算法模型构建分布式计算项目，并设计了新的枚举算法，从而达到提高计算效率的目的。通过对其研究，对如何挖掘因特网上闲置的计算资源潜力进行了尝试和探索。对高中学生而言，建立分布式计算项目还是一种全新的尝试，这能够带来对分布式计算这种利用网络闲置资源的计算科学的更深入的了解。

【关键词】烷烃异构体，分布式计算，工作池模型

分布式计算综合症

Sun, 11 Dec 2005 05:48:39 GMT

打开任务管理器，看到CPU占用不是100%就不安心。
上网必上www.equn.com/forum，每5min按一次F5。
认为2005年12月15日是一个悲伤的日子。
大力在自己身边的人中推广分布式计算，在所有“力所能及”的机子上装上分布式。
算数学类项目时，总是怀着对这一个指数的计算会发现质数的期望。
晚上睡觉不顾辐射开机分布式。
赞扬老爸一番，因为他帮我算了几个WU。
分布式计算程序的优先级至少是标准。
把SETI Classic或者BOINC放到U盘里，拿到哪里算到哪里。
把分布式计算成绩签名放到MSN Space里边。
没事经常拿着SETI证书偷着乐。
看到英文的分布式计算信息就有将其翻译成中文的愿望

未完待续~~~

各分布式计算的工作单元耗时

Sun, 11 Dec 2005 05:24:40 GMT

All on P4 2.4B

SETI@home: ~4hrs enhanced:~12hrs optimized:~7hrs

LHC@home: ~3hrs

Folding@home: over 1day

Seventeen Or Bust: First-pass ~5days(and growing)

Dimes: need 1hr to finish, ~5hrs to upload

Einstein@home: ~10hrs new albert program needs ~6hrs optimized:1.5hrs S5~:100min

GIMPS: ~35days

Predictor: ~4hrs

TSPChina: by luck, maybe never results in a good result

ClimatePredictor: ~1300hrs

Rosetta:optional, i think it is very good

SZTAKI Desktop Grid:~1.5hr optimized:2min //akosf is great!!

eOn:~1min

Distributed.NET:RC5-72:~0.5hr;OGR:0.1~1hr

Xtremlab:10min

HashClash:1~15min

PrimeGrid: PrimeGen ~0.5hr

3x+1:~20days

Unfinished~~~

renewed on 6.15

SETI手札------献给将死未死的SETI Classic

Sun, 20 Nov 2005 01:40:16 GMT

第一次接触SETI，是在大约一年前吧。那时候学校搞了个地理研究性学习网，要我们每个学期至少到那里发几篇文章。于是我就在找关于地理的文章、软件。碰巧那时候在天空软件网看到了SETI的一个汉化版本，于是就把它发在了那个地理网站上，可是自己都没有真正用过。现在我在那个网站上发表的文章应该已经被磨灭了吧~~~

后来，在一节电脑课上突然想起SETI，就在Google上搜索SETI@home，当然，第一个找到的就是www.equn.com 了。通过这个网站，我对SETI了解得更深入了。特别是那些讲搜寻原理的文章更是让我看得津津有味。这样看来，分布式计算的资料翻译对于新参与者来说真的有很大的吸引力。不知道我和Greathill翻译的LHC@home介绍页面又会吸引到多少LHC@home的新手呢？热切期待中~~~

就在那个周末，当时大概也是4月份左右，我打开电脑，上网注册了一个账号，真正地开始了我的SETI生活。那时候不懂，用的是图形版，慢得要命。经过几个星期，算了几个WU以后，再上分布式论坛一看，怎么每个人的速度都那么快，一天几个WU？？？通过查阅帖子才知道有样东西叫命令行版，还学会了用SetiHide。从这以后，我的SETI事业进入了飞速发展期。

刚刚接触SETI，自然有向别人推广的欲望。我刚跟我的一个朋友Pchu说起这事，才发现我的消息并不是很灵通：别人一早就知道有这个了。于是我们就经常在一起讨论心得。我们一起开始使用命令行，一起拿证书，一起观星，一起SETI……

以后就是坚持了，从0到100到现在……

在算SETI的时候，有空我就去分布式论坛逛一下。起初是潜水员，后来耐不住了，发了几篇文章，还翻译了一点东西。没想到反响很好，于是就继续、继续……现在也算小有成果了。在论坛上，每个会员都是朋友，感觉很好，就像在家里。

SETI改变了我的很多方面。现在，我用电脑的时候，连开TM也得先掂量掂量，看看对SETI影响大不大；平时在班里边经常宣传分布式，连英语课的Daily Report也不放过；有事没事总爱谈分布式，一听到“分布式”三个字就两眼瞪圆；说明事物总爱用分布式作例子；甚至连个研究性学习，题目也和分布式有关……看来我是得病了，得了“分布式狂热症”。我希望这是不治之症~~~

现在，SETI官方说SETI Classic要停了。我们都很伤心。毕竟这是我们这么多人的共同语言。不过，世界上不是只有一个分布式。这个停了，还有别的。我们可以在BOINC的支持下，在新的SETI上再战斗。

谨以此文献给将死未死的SETI Classic。

对比阅读：http://student.mblogger.cn/pchu/posts/136794.aspx Pchu的SETI手记